《中国科技论文在线》拥有一套完整严格的专家论文遴选体系。期刊的编辑委员会由26名中国科学院和中国工程院院士组成，负责《中国科技论文在线》的学术指导。《中国科技论文在线》以教育部科技发展中心的博士点基金评审专家库（该专家库主要由国内重点大学的教授组成）为依托，对投稿稿件按国家标准三级学科遴选两位专家进行学术价值的评价，对学术价值较高的稿件进入本期刊的拟录用范围。对拟录用范围内的稿件再请期刊特聘的学科专家对稿件的学术价值和本期刊的发表要求进行第二次评审，经第二次学科专家评审符合发表要求的稿件方为本期刊准备正式录用的稿件。